Gestimuleerde aërobe afbraak, monitoring gedurende de uitvoering
Wanneer het saneringsysteem is geïnstalleerd en afgesteld, wordt na enige tijd de monitoring opgestart. Een monitoringsprogramma wordt in de regel als onderwerp van het saneringsplan opgesteld en maakt hiermee onderdeel uit van de beschikking Gedurende de sanering dient te worden getoetst op het monitoringsprogramma nogvoldoet of dat aanpassingen benodigd zijn; één en ander in overleg met en ter goedkeuring van het bevoegde gezag. In bijlage 1, onderdeel B3 van SIKB protocol 
7002 wordt een overzicht geven van de te monitoren parameters.
De monitoring dient enerzijds om wisselingen in snelheidsbepalende stappen te onderkennen en de installatie daarop aan te passen. Het functioneren van het systeem wordt beoordeeld en eventueel bijgesteld via meting van stijghoogte in peilbuizen om de invloed van de onttrekking en infiltratie te controleren. Tevens worden hoogteboutmetingen ten behoeve van de controle op eventuele zetting als gevolg van de onttrekking uitgevoerd. Anderzijds dient de monitoring natuurlijk om het verloop van de sanering te volgen. Dit vindt plaats door middel van bodemlucht- en grondwatermetingen en eventueel analyses van grondmonsters.
Grondwatermonsters worden verkregen uit peilbuizen en onttrekkingsfilters op of buiten de locatie. Een doeltreffend programma voor het volgen van de een aërobe sanering behelst het periodiek bemonsteren van het grondwater en indicatoren van biologische omzetting. Voor monitoring van het biologische afbraakproces in de bodem zijn een aantal indicatoren aan te wijzen. In onderstaande tabel is hiervan een overzicht gegeven.
Wanneer de concentraties in het onttrokken grondwater gedurende enige tijd voldoen aan de eisen, kan het systeem gedurende een aantal weken worden stopgezet. Wanneer het onttrokken grondwater bij de herstart van het systeem geen verhoging te zien geeft, is dit een indicatie dat ook verontreinigingen uit minder goed doorstroomde of sterk adsorberende delen zijn verwijderd. Wanneer intermitterende onttrekking plaatsvindt, kan door analyse van het grondwater voorafgaand en na afloop van de pauze het diffusieproces eenvoudig worden gevolgd. Vervolgens kan analyse van watermonsters uit peilbuizen en vervolgens bodemmonsters uitsluitsel geven of ook aan geformuleerde doelstellingen van de sanering is voldaan. Een belangrijk aspect hierbij is de plaatsbepaling om een zo compleet mogelijk beeld te krijgen van het saneringsresultaat. In veel gevallen vindt de eindcontrole van de sanering plaats aan de hand van SIKB protocol 6002 voor in situ saneringen, waarmee tegelijkertijd de nieuwe ‘nul-situatie’ wordt vastgelegd.